南京农业大学杂草研究室（江苏省杂草防治技术工程技术中心）拥有分子实验室、生物除草剂实验室、天然除草活性物学化实验室、显微镜室、植物培养室等面积300平米，标本室120平米，办公室120平米。
1. 转基因与外来植物安全评价实验室（分子实验室）
本实验室为外来植物入侵机制、杂草生物生态学及可持续管理、杂草的抗逆适应的表观遗传机制、转基因作物的安全评价提供了分子生物学研究的实验平台。配置有流式细胞仪、定量PCR仪、各式梯度PCR仪、全自动凝胶成像系统、台式冷冻离心机、核酸蛋白测定仪、超低温冰箱、电子天平等仪器。
2. 生物除草剂实验室
本实验室主要是为生物除草剂研究和开发以及植物形态解剖学等提供研究实验平台。配置有多种摇床及发酵设备、多种培养箱、高效湿法混合制粒机、超净工作台、冰冻切片机、霉菌培养箱、超声波清洗器、恒温干燥箱、电热鼓风烘箱、电子天平等。
3．天然除草活性物学化实验室
本实验室为生物代谢产物的提取、分离和鉴定而提供实验平台，主要的实验仪器配置有HPLC、旋转蒸发仪、柱层析装置、全自动化学发光图像分析系统、发酵罐、灭菌锅等。
4. 植物培养室
本实验室拥有四个培养室，分别为组培室、拟南芥培养室、普通植物培养室、微生物培养室。
5. 显微镜室
包括荧光显微镜、Imagine Pam检测仪、叶绿素荧光仪、流式细胞仪、体式显微镜等仪器。
6. 杂草标本室
南京农业大学植物标本室主要收集杂草标本，也是国内最大的专门的杂草标本室。目前共采集杂草标本有8万余份，1000余种杂草子实标本，并建立了中国杂草信息服务系统，大部分标本已经被数字化，成为了解中国杂草的一个最重要的信息窗口。